Kotaro Takamiya, scientifique renommé, est un jour kidnappé par des hommes de l'Empire des Machine alors qu'il est en pleine conférence. Son petit frère, Teppei, tente aussitôt de le secourir mais il est rapidement éjecté du BT à bord duquel le kidnappeur s'enfuit. Tombé dans une décharge et menacé par des soldats, Teppei se demande alors comment il va bien pouvoir retrouver son frère, jusqu'à ce que son sang éveille X, un puissant BT disparu depuis des années..