Ai Shiina est un jeune homme, mais qui est tout le temps considéré comme une femme à cause de son apparence féminine. Embarrassé par cette situation et des regards des autres, il décide un jour de s'installer à Tokyo pour terminer ses études. À sa surprise, il s'est retrouvé à partager un logement avec trois jeunes filles, Ayaka Sunohara la maîtresse de maison, ainsi que Sumire Yamanashi et Yuri Kazami..