Amano Ginji et Mido Ban sont des récupérateurs qui se font appeler les Get Backers. Leur travail, c'est de retrouver tout ce qui a été volé ou perdu. Leur devise : « Satisfaction garantie à 100% ou presque ». Chacun d'eux possède un pouvoir particulier. Ginji, qui était aussi appelé l'Empereur de la Foudre, peut créer de l'électricité avec son corps et la contrôler. Quant à Mido, il possède le Jagan, aussi appelé Œil Maléfique, qui déclenche une illusion de 60 secondes. C'est dans les alentours de Shinjuku que les Get Backers, accompagnés de nombreux alliés, vont devoir affronter des ennemis plus forts les uns que les autres afin de remplir leurs missions. Mais peu à peu, les mystères du Mugenjō vont refaire surface et nos héros devront faire face aux fantômes de leur passé..