L’histoire se déroule dans la région de Kanto, dont chaque zone géographique de la région est habitée par différentes espèces de créatures appelées, Pokémon. Nous suivons un jeune garçon du nom de Red et de son rival, Green, qui rêvent de devenir Maître Pokémon. Un jour, lors d’une féroce bataille avec le chef de la Team Rocket, Red va rencontrer un étrange Pokémon....