Cela se déroule bien avant les évènements de Soul Eater : Tsugumi Harudori, 14 ans, arrive à Death City pour commencer sa nouvelle vie en tant qu'élève de Shibusen et développer ses pouvoirs en tant qu'arme. Elle y fera la connaissance de nombreuses personnalités telles que Mémé, meister atteinte de troubles amnésiques, et Anya, meister au tempérament capricieuse et orgueilleuse, qui deviendront ses meilleures amies. D'autres protagonistes viendront se joindre à la vie joyeuse mais folle de ces trois compères..