À l'académie Myôjô, il existe une classe spéciale, la « Black Class », composée de seulement treize élèves. Tous sont des assassins excepté leur cible, Haru Ichinose. Tokaku Azuma est une élève récemment transférée qui est aussi chargée de la tuer, mais tout se complique lorsqu'elle commence à développer des sentiments pour elle..