Tôru Acura est un soldat âgé de 20 ans. La guerre étant terminée, il n'a désormais plus aucun but dans sa vie. Il rencontre un jour Chaika Trabant, une jeune sorcière de 14 ans qui transporte un cercueil avec elle. Dans l'espoir de trouver un sens à sa vie, il décide de la suivre, tout en étant accompagné de sa petite sœur adoptive, Akari..