Un soir, Sakurakôji Sakura, une lycéenne ordinaire, aperçoit sur le chemin du retour un mystérieux garçon brûler vif des gens avec un feu bleu. Le lendemain, ce mystérieux garçon, Ôgami Rei, se présente comme nouvel élève de sa classe. Ôgami affirme être un CØDE BREAKER (quelqu’un qui n’existe pas), qui juge le Mal contre qui les lois ne peuvent rien. Quels secrets se cachent derrière les CØDE : BREAKER et l’organisation qui les emploie, l’Eden ?.