Kakeru Satsuki, dont la sœur aînée est morte quelques années plus tôt, tente de mener une vie normale en compagnie de son amie Yuka Minase. Pas évident, car le souvenir du drame est encore vif dans son esprit. Un jour comme les autres, paralysés par une douleur aussi violente que soudaine, ils se retrouvent téléportés dans une autre dimension où le ciel et la lune sont teintés de rouge. Rapidement, une horde de monstres les attaquent, et la lutte pour la survie commence. Ils découvriront qu'ils ne sont pas seuls : d'autres élèves possédant des aptitudes hors du commun sont dans la même situation qu'eux. Afin de protéger Yuka, Kakeru décide d'apprendre à se battre auprès d'eux, car les gardiens de cette « Nuit Rouge » semblent bien décidés à éliminer ces jeunes gens qu'ils appellent Fragments..