Seraphim Call raconte l'histoire de onze jeunes filles de Néo-Acropolis dans leur problèmes quotidiens, allant de l'adolescente qui vit encore avec ses peluches à celle étant professeur à l'école. Chacune des filles possède sa propre narration et ses propres soucis. Mais ce qui est sûr, c'est qu'aucune ne ressemble à une autre !....