Des individus avec des capacités neurologiques hors du commun, les Alphas, sont recrutés par une section secrète du gouvernement, le DCIS (« Defense Crime Investigative Service », soit littéralement « Service d'Enquêtes Criminelles de la Défense ») afin d'œuvrer pour le bien-être de la société et arrêter les Alphas mal intentionnés… Leur principal ennemi est le groupe terroriste « Red Flag », (« Drapeau rouge » en version Francophone) qui milite pour la reconnaissance et l'indépendance des Alphas. Il utilise le meurtre et les assassinats pour arriver à ses fins..