Tout se passe en l'an 2059, quand la Terre fût envahie depuis des années par des aliens. Dans le but d'en apprendre plus sur les différentes motivations de ces derniers le Dr. Noguchi accompagné de ses deux assistants Maki Agata et Takuto Kenishiro décidèrent de réanimer l'expérience nommée Frank, un étrange biomécanique. Lors du processus de réanimation l'alien revint à la vie et annihila le laboratoire laissant comme seul survivant Takuto. Errant dans le désert après le destruction du laboratoire, Frank rencontra une fille de 13 ans surnommée Hattie qui curieusement peut communiquer avec lui. Peu après leur rencontre ils intégrèrent une agence militaire connue sous le nom de "Funeral". De son côté Takuto avec comme seule motivation la vengeance accepta d'intégrer lui aussi l'agence et reçu une nouvelle identité, Ryo Soma..