Sur le domaine Karasumori a été construit un collège où étudient deux jeunes Kekkaishi (maitres de Kekkai, sorte de champ de force) amis depuis leur enfance. Ce domaine, où vivait le seigneur Karasumori il y a 400 ans, a la particularité d'attirer les entités et de leur donner de nouveaux pouvoirs... Yoshimori et Tokine sont les descendants de l'exorciste qui a été appelé il y a très longtemps pour combattre les âmes. Le but secret de Yoshimori est de sceller à jamais le domaine Karasumori afin d'éviter tout autre danger..