Le docteur Kuro Hazama, plus connu sous le pseudonyme de « Black Jack », n'est pas un médecin comme les autres : il s'avère être, en effet, un chirurgien sans licence travaillant dans l'ombre. Bien que détesté des professionnels, cela ne l'empêche pas d'être reconnu et sollicité dans le monde entier. Accompagné de son assistante, Pinoko, il effectue des opérations dangereuses et impossibles contre des millions de yens. Cependant… Même si Black Jack est un homme doué et ambitieux, il ne peut pas toujours contrôler la vie du bout de ses scalpels. Surtout quand les maladies de ses patients sont rares, voire carrément inconnues..