Nagito Komaeda se réveille après avoir vécu la mort dans le cadre du programme Neo World. Quel genre de monde voit-il et pourquoi s’est-il réveillé ? Nagito semble être dans un monde étrange, comprenant des étudiants qui ont déjà été vus ainsi que des personnes qui n'ont jamais existé. C'est un garçon ordinaire sans chance ultime, qui fréquente une école ordinaire. Contraint d'être le protagoniste, il pense qu'avoir un grand talent interromprait son bonheur. Il croit que vivre une vie ordinaire, être moyennement heureux, tout en regardant ses camarades de classe avoir une jeunesse normale, c'est ce qui est merveilleux. Cependant, un jour, un garçon se faisant appeler "Le Destructeur du Monde" apparaît, ayant la forme de Hajime Hinata aux yeux rouges. Il commence la destruction du monde de Nagito....