4 tortues ayant subit une mutation génétique apprennent les arts martiaux. Elles se battent dans l'ombre pour défendre les rues de New-York et vaincre un ennemi puissant, le Shredder. Dans leurs combats, elles seront parfois aidés par une scientifique devenue antiquaire, April O'Neil, et un justicier masqué un peu maladroit, Casey Jones.