Le docteur Fatalis, dans sa guerre pour conquérir l'univers, a essayé de s'approprier l'épée de l'Infini qui a le pouvoir de changer la réalité. Il est arrêté par Iron Man, mais dans la bataille l'épée s'est brisée en plusieurs morceaux. Il crée donc une alliance composée de super-vilains de la Lethal Legion, de MODOK et de l'Abomination, afin de récupérer les morceaux dispersés l'épée de l'Infini brisée. Chacun d'entre eux, possède de dangereux pouvoirs. L'équipe de Fatalis inclus aussi les résidents de Villainville, laquelle a été séparée de Superhero City par une muraille géante érigée au début de la série. Une fois de plus, Iron Man, à la tête de la Super Hero Squad, composée de Hulk, le Faucon, le Surfer d'argent, Thor et Wolverine, va tenter de s'opposer à ses plans..