Ittoki Sakuraba était un étudiant ordinaire, jusqu'à ce que sa vie soit bouleversée ! Il découvre qu'il est le 19e héritier du fameux clan ninja Iga. Les Iga doivent essayer de défendre ce qui leur appartient contre les Kôga, un clan rival cherchant à mettre fin à la vie d'Ittoki. Ce dernier n'a d'autre choix que de devenir un shinobi suffisamment fort pour se protéger, mais aussi son village. Désormais étudiant à l'Académie Ninja de Kokuten, un lycée spécialisé dans les techniques shinobi, Ittoki apprend la voie du ninja moderne, équipé de combinaisons et de gadgets high-tech. Avec d’autres étudiants, Ittoki affronte les Kôga dans le but de mettre fin à cette rivalité une fois pour toutes..