En 1600, le navire hollandais L'Érasme s'échoue sur les côtes japonaises. Fait prisonnier par un seigneur local, son pilote anglais John Blackthorne découvre un pays dont il ignore tout et dans lequel les missionnaires Jésuites portugais ont un pouvoir considérable. Protégé par le général en chef des armées de l'Est, le seigneur Toranaga, John Blackthorne, devenu Anjin-San pour les Japonais (« Honorable Pilote »), connaîtra une ascension fulgurante et deviendra samouraï..