L'histoire se déroule en 2062, alors que l'Humanité est en guerre depuis 20 ans contre Artemis, une puissante IA qui s'est rebellée contre ses créateurs. Empress, une jeune amnésique, se réveille dans une base souterraine. Elle est l'une des Protectrices de l'Humanité, mais elle n'a aucun souvenir antérieur à son réveil. De plus, celles qui devaient être ses alliées, Dead Master et Strength, semblent prêtes à tout pour lui mettre des bâtons dans les roues..