L'histoire commença lorsque deux créatures divines (Léviathan et Bahamut) menèrent un combat acharné juste au dessus de la ville de Tokyo. La forte intensité de leur lutte créa un pilier obscur sur Terre qui inspira un sentiment de peur et de confusion dans la population. Les scientifiques chargés d'étudier cette colonne, Joe et Marie Hayakawa, entamèrent des recherches sur ce phénomène..