Cette œuvre raconte l'histoire du prince Tamino, chargé par la Reine de la Nuit, avec l'aide de l'oiseleur Papageno, de sauver sa fille Pamina, retenue prisonnière par Sarastro. Dans le premier acte, la Reine de la Nuit confie au prince Tamino et à Papageno, l'homme-oiseau de délivrer Pamina, sa fille, qui a été enlevée par le diabolique Sarastro. Tamino recevra une flûte enchantée pour le protéger et Papageno un carillon magique. Dans le deuxième acte, les deux héros comprendront que Sarastro est en fait le gentil qui n'avait enlevé Pamina que pour la soustraire de l'emprise néfaste de sa mère. Tamino devra traverser plusieurs épreuves, dans lesquelles il fera preuve de sagesse, de courage ou de force. Le prince triomphera et épousera Pamina tandis que Papageno, quant à lui, échouera dès la première épreuve mais trouvera tout de même sa belle Papagena.