Après une courte accalmie, le valeureux Kenshin Himura Sato Takeru reprend du service, et fait face à Makoto Shishio Fujiwara Tatzuya qui tente de renverser le gouvernement Meiji. Le sort du pays se trouvant alors entre ses mains, Himura Kenshin reprend l'épée qu'il s'était pourtant juré de ne jamais plus utiliser...