La nouvelle aventure d'Indiana Jones débute dans un désert du sud-ouest des États-Unis. Nous sommes en , en pleine guerre froide. Indy et son copain Mac viennent tout juste d'échapper à une bande d'agents soviétiques à la recherche d'une mystérieuse relique surgie du fond des temps. De retour au Marshall College, le Professeur Jones apprend une très mauvaise nouvelle : ses récentes activités l'ont rendu suspect aux yeux du gouvernement américain. Le doyen Stanforth, qui est aussi un proche ami, se voit contraint de le licencier. À la sortie de la ville, Indiana fait la connaissance d'un jeune motard rebelle, Mutt, qui lui fait une proposition inattendue.