Déçu par le manque de reconnaissance pour son art, Craig Schwartz, marionnettiste ambulant farfelu, cherche un travail plus rémunérateur. Il est engagé comme archiviste dans une entreprise très spéciale où il se lie d'amitié avec la séduisante Maxine. En déplaçant un meuble il fait une étrange découverte qui le mène droit dans la peau de John Malkovich. Cette expérience fantastique va transformer sa vie maussade.