Pour rappel, l'histoire de Halo est celle d'un monde-anneau mystérieux, qui fourmille de secrets capables de sauver l'humanité. Ainsi, en l'an 2552, les hommes ont réussi à endiguer le surpeuplement de la Terre en colonisant d'autres planètes grâce à l'invention de vaisseaux spatiaux plus rapides que la lumière. Malheureusement, tout contact a été perdu, voici 32 ans, avec une colonie du nom de Harvest. Suite à l'envoi d'une escadrille par l'UNSC le centre spatial des Nations Unies pour enquêter sur l'affaire, un seul vaisseau revint, en piteux état, dont l'équipage rapporta que des aliens pervers avaient anéanti sans pitié le reste de l'escorte. Ces aliens constituent en réalité le Covenant, une confédération de races diverses unies par le même fanatisme religieux, qui considèrent l'existence des hommes comme un affront fait à leurs dieux et leur ont déclaré la guerre. En réponse, la base militaire de l'UNSC sur la planète Reach a mis au point un programme cybernétique dénommé SPARTAN-II, sorte de "super-soldat" censé constituer l'arme secrète des hommes. Les dirigeants de l'UNSC ont imaginé un plan destiné à infiltrer un vaisseau du Covenant par un groupe de soldats SPARTAN-II en vue de localiser le monde des aliens. Au moment où le jeu commence, les forces du Covenant attaquent la planète Reach et détruisent la base militaire avant même le lancement de la mission. Un seul vaisseau, le Pillar of Autumn, échappe au carnage avec le dernier survivant de SPARTAN-II à son bord, un soldat nommé Master Chief... Le personnage que vous, joueur invétéré, incarnez! Et lorsque le Pillar of Autumn est détruit près d'Halo, vous devez conduire vers l'anneau les derniers Marines survivants et découvrir ses secrets avant le Covenant.