Il était une fois ou peut-être deux, un royaume enchanté appelé Pepperland, un endroit merveilleux protégé par le Sgt. Pepper's Lonely Heart Club Band où le bonheur et la musique règnent en maîtres. Mais tout cela est gravement menacé lorsque les méchants Blue Meanies déclarent la guerre et envoient une armée menée par Gantelaid' Flying Glovepour détruire cet éden. En enfermant le groupe dans une boule bleue anti-musique, ils transforment alors les habitants de Pepperland en statues de pierres et vident le royaume de toutes ses couleurs. Panique totale dans la population pepperlandaise dont le maire Old Fred décide d'envoyer Young Fred et son sous-marin jaune chercher de l'aide. Young Fred réussit à s'enfuir et va ressusciter la légende de Yellow Submarine : fabuleuse légende qui dit qu'un jour, des hommes arrivèrent sur la contrée de Pepperland pour y faire naître la musique et le bonheur. Ainsi, à bord du sous-marin jaune, Young Fred va rechercher des personnes capables de relever ce vrai défi.