Alors que Sacha, Pierre, et Aurore sont en route pour Alamos dans l'idée de participer à un Concours Pokémon, ils rencontrent une jeune femme blonde nommée Alice, qui leur fait découvrir la ville. La Tour de l'Espace-Temps, construite il y a 100 ans par Gaudy, sert à régir le calme entre l'espace et le temps. Malheureusement, le Pokémon légendaire de l'espace, Palkia, pénètre dans la ville et la transporte dans une autre dimension où il continue son combat avec Dialga, le Pokémon légendaire du temps. Au dessus de ce danger plane l'ombre du Pokémon Noirtotal, DarkraiTitre original : Gekijouban Pocket Monsters Diamond & Pearl : Dialga vs. Palkia vs. Darkrai