2065. La Terre est dévastée par de mystérieux spectres extra-terrestres qui prolifèrent en détruisant toute forme de vie. De rares humains survivent dans la peur, cachés dans des endroits isolés du monde extérieur par un bouclier. Un mégalomane, le général Hein, tente de convaincre les survivants d'utiliser Zeus, un nouveau canon laser, pour éliminer les envahisseurs. Le bienveillant docteur Sid s'oppose à une telle agressivité. Pour lui, la Terre est constituée de Gaïa, une puissance qui recueille toutes les énergies après leur mort. C'est avec Aki Ross, une belle scientifique, qu'il cherche au milieu des décombres les trois derniers esprits manquants pour créer l'onde qui les délivrera des Aliens...